jQueryでanimationがうまく動かない件 | 15g.jp

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こんな感じで大雑把にanimationを設定していると

jQueryとバッティングしてしまい、期待通りの動きをしません。

jQueryでアニメーションをつける時は、cssのtransitionは干渉しないように要素を限定しておきましょう。
もしくはjQueryに任せて、cssでは書かないなどのルールを決めたほうがいいかもしれません。